Nació en Fontiveros, provincia de Ávila (España), hacia el año 1542. Pasados algunos años en la Orden de los carmelitas, fue, a instancias de Santa Teresa de Jesús, el primero que, a partir de 1568, se declaró a favor de su reforma, por la que soportó innumerables sufrimientos y trabajos. Murió en Ubeda el año 1591, con gran fama de santidad y sabiduría, de las que dan testimonio precioso sus escritos espirituales.

Gonzalo de Yepes pertenecía a una buena familia de Toledo, pero como se casó con una joven de clase “inferior”, fue desheredado por sus padres y tuvo que ganarse la vida como tejedor de seda. A la muerte de Gonzalo, su esposa, Catalina Alvarez, quedó en la miseria y con tres hijos. Jitan, que era el menor, nació en Fontiveros, en Castilla la vieja, en 1542.

Asistió a una escuela de niños pobres en Medina del Campo y empezó a aprender el oficio de tejedor, pero como no tenía aptitudes, entró más tarde a trabajar como criado del director del hospital de Medina del Campo. Así pasó siete años. Al mismo tiempo que continuaba sus estudios en el colegio de los jesuitas, practicaba rudas mortificaciones corporales.

A los veintiún años, tomó el hábito en el convento de los carmelitas de Medina del Campo. Su nombre de religión era Juan de San Matías. Después de hacer la profesión, pidió y obtuvo permiso para observar la regla original del Carmelo, sin hacer uso de las mitigaciones (permisos para relajar las reglas) que varios Pontífices habían aprobado y eran entonces cosa común en todos los conventos.

San Juan hubiese querido ser hermano lego, pero sus superiores no se lo permitieron. Tras haber hecho con éxito sus estudios de teología, fue ordenado sacerdote en 1567. Las gracias que recibió con el sacerdocio le encendieron en deseos de mayor retiro, de suerte que llegó a pensar en ingresar en la Cartuja.

Después de tres meses de sufrimientos muy agudos, el santo falleció el 14 de diciembre de 1591.

En su muerte no se había disipado todavía la tempestad que la ambición del P. Nicolás y el espíritu de venganza del P. Diego habían provocado contra él en la congregación de la que había sido cofundador y cuya vida había sido el primero en llevar.

La muerte del santo trajo consigo la revalorización de su vida y tanto el clero como los fieles acudieron en masa a sus funerales. Dios quiso que se despejaran las tinieblas y se vieses su vida auténtica para edificación de muchas almas. Sus restos fueron trasladados a Segovia, pues en dicho convento había sido superior por última vez.

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